由于移植多个胚胎到子宫，因此IVF技术导致的多胎妊娠率显著高于自然妊娠，约为 25-30% 左右。多胎妊娠晚期流产和早产的风险显著高于单胎妊娠，母亲患妊娠期糖尿病、妊娠期高血压病、发生难产和产后出血的风险显著增加。
因此，多胎妊娠对母婴都不利。目前许多IVF中心为降低多胎妊娠率，开始减少移植胚胎数，或进行单胚胎移植。对于三胎或三胎以上妊娠者，必须进行减胎，而对于双胎妊娠者，建议患者减胎。
